一般的に、インフルエンザ発症前日から発症後3～7日間は鼻やのどからウイルスを排出するといわれています。 排出されるウイルス量は解熱とともに減少しますが、解熱後もウイルスを排出するといわれています。 現在、学校保健安全法（昭和33年法律第56号）では 「発症した後5日を経過し、かつ、解熱した後2日（幼児にあっては、3日）を経過するまで」 をインフルエンザによる出席停止期間としています（ただし、病状により学校医その他の医師において感染のおそれがないと認めたときは、この限りではありません）。 新型ウィルスではない限り、学校のような法的な決まりがないのですが、従業員への安全配慮のために、社内への感染を防ぐ必要があるのも現状です。 現状、会社に明確なルールがない場合、法的には、本人からの有給休暇の申請が先か、会社から休業命令が先かによって判断することが妥当です。 有給休暇の申請を推奨し、申請がない場合に限り、出勤停止による休業手当を支払うケースが多いと思われます。 なお、一律で会社からの休業命令を行う（＝休業手当を支払う）には、ルールを明確にして、従業員に対して事前に通知しておくとよいです。（就業規則等に盛り込むのがよりよい） この場合、本人からの有給休暇の申請より先に休業命令をだしてください。 なお、他の傷病とインフルエンザを異なるフローにする場合は、それぞれのケースごとに明確にしておく必要があります。